Krovni vrtovi navodnjavaju se sistemom kap po kap koje su u većini slučajeva podijeljene na više zona zbog raznolikosti biljnog materijala jer imaju različitu potrebu za količinom vode.
U najviše slučajeva imaju zaseban priključak za vodu te zaseban programator osim novogradnje gdje se za vrijeme radova mogu odraditi pripremni radovi te se povezati na kompletan sistem.